При этом, будучи крупным рудником, ведущим добычу открытым (карьерным) способом, «Кумтор» неизбежно влияет на окружающую среду. «Мы придерживаемся наших обязательств в сохранении природного биоразнообразия и снижении негативного воздействия производства на окружающую среду во время эксплуатации рудника и сотрудничаем с партнерами для увеличения биоразнообразия. Мы понимаем, что для успешного решения этих задач необходимы консультации и работа с местными, государственными и международными партнерами», — говорится на сайте компании.
Указывается, что горный хребет Тянь-Шаня является одним из самых протяженных в Центральной Азии и простирается на 2 800 км на территории Кыргызстана и Китая. Особенностью региона является уникальное биоразнообразие. Кроме того, он является местом обитания исчезающих видов животных, включая снежного барса и горного барана Марко Поло (архар). Снежный барс является важным культурным символом в Центральной и Южной Азии и широко описан в фольклоре. Также включены в Красную книгу Hedysarum kirgizorum — водное растение из семейства лютиковых, эндемичные виды одуванчика (Taraxacum syrtorum) и тюльпана (Tulpe tetraphylia).
При этом наличие ЗАО «Кумтор Голд Компани» позволило создать благоприятные условия для сохранения популяции снежных барсов в районе Центрального Тянь-Шаня Кыргызстана. В конце 1990-х годов кредиторами проекта (ЕБРР и МФК) было привлечено НПО для изучения аспектов биоразнообразия Оценки Воздействия на Окружающую Среду проекта Кумтор. В результате данного обзора были выработаны рекомендации относительно мер по смягчению последствий от рудника, начиная от политики запрета охоты до мониторинга дикой природы, которые Кумтор принял и продолжает отчитываться о результатах данных мер в своих ежегодных отчетах по охране окружающей среды. Также кредиторы поддержали решение Правительства Кыргызской Республики по созданию Сарычат-Эрташского заповедника, соседствующего с рудником. После создания заповедника, кредиторы и Кумтор выделили средства и ресурсы на поддержку инициатив НПО по организации заповедника на должном уровне, разработке плана по управлению заповедником, поддержке исследования по биоразнообразию и развитию местных сообществ. Политика по запрету охоты по-прежнему действует на руднике и служит барьером для браконьеров. Количество архаров в заповеднике увеличилось с 750 до 2500, и составляет наибольшую популяцию в Кыргызстане. Популяция козерога находится в пределах 750-850 голов. Исследования также подтверждают, что количество снежных барсов в пределах заповедника и его окрестности значительно увеличилось до 18 особей.
